Sampai saat ini Universitas Cenderawasih memiliki 8 fakultas yaitu:

  1. Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP)
  2. Ilmu Sosial dan Ilmu Politik (FISIP)
  3. Fakultas Hukum (FH)
  4. Fakultas Ekonomi dan Bisnis (FEB)
  5. Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA)
  6. Fakultas Teknik (FT)
  7. Fakultas Kesehatan Masyarakat (FKM)
  8. Fakultas Kedokteran (FK)